1505/1506: Jacob Fugger finanziert mit anderen Handelshäusern die erste deutsche Indienfahrt, ebenso die Weltumseglung von Magellan, die zu einer Westroute nach Indien führen sollte. 1521 bringen philippinische Widerstandskämpfer:Innen den kolonisierenden und missionierenden Magellan um, ein überlebender Rest der Schiffsmannschaft kehrt jedoch 1522 nach Spanien zurück. Zu der Mannschaft der ersten Weltumseglung gehört ein versklavter Mann aus Sumatra, den Magellan 1511 in Malakka in Besitz nimmt und ihn Enrique Melaka fremdbenennt. 1519 muss dieser Magellans Kolonialfahrt als Dolmetscher begleiten. Als Magellan 1521 auf den Philippinen ums Leben kommt, gelingt Melaka, mit Hilfe des Königs von Cebu die Flucht.

1525 beteiligte sich Jakob Fugger finanziell an der Expedition des spanischen Seefahrers García Jofre de Loaísa, entlang der brasilianischen Küste in Richtung Pazifik. Die Fugger verloren dabei um die 10.000 Dukaten. Ursprünglich hatten sie Interesse an dem Gebiet, das heute Chile entspricht. Da die Fugger sehr umsichtige Kaufleute waren, ratifizierten sie den Vertrag nach der gescheiterten Expedition nicht.

In Santo Domingo wird eine Fuggersche Niederlassung errichtet, wo ihnen vermutlich die Kontrolle über die Transporte von versklavten Menschen übertragen wird. Die Quellenlage ist jedoch gerade in Hinblick auf die Zahlen versklavter Menschen uneindeutig, welche wohl eher nach oben korrigiert werden müssten. (vgl. Kellenbenz 1990: 394)

Die Familie wandelte sich: Aus Kaufleuten wurden Adelige, die wichtige Positionen in Kirche und Staat errangen. Mit einem Teil ihres Vermögens gründeten die Fugger eigenständige Stiftungen, um deren Fortbestand sie sich bis zum heutigen Tag kümmern.
1895 wird ein Familienmitglied der Fugger, Joseph Max Karl Maria Graf Fugger von Glött von der Kolonialarmee für die heutigen Gebiete Tansania (ohne Sansibar), Ruanda, Burundi und Teile von Mosambik angestellt. Ende November desselben Jahres wechselt er erneut zur Kolonialarmee und wird im Juni 1902 zur nach Kamerun versetzt, wo er Resident der neu geschaffenen Residentur Adamaua wird.